江苏金华仪表建议使用菌落计数器时按照如下方法：
1、将电源插头插入220V电源插座内。将探笔插入仪器上的探笔插孔内。
2、将电源开关拨向开，计数池内灯亮。同时显示窗内显示明亮的，表示允许进行计数。
3、将待检的培养皿皿底朝上放入计数池内。用探笔在培养皿底面对所有的菌落逐个点数。此时，菌落处被标上颜色，显示窗内数字自动累加。
4、用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏，计数即已完毕。
5、显示窗内的数字即为该培养皿内的菌落数。
6、记录数字后取出培养皿。按复按钮，显示恢复，为另一培养皿的计数做好准备。
关于菌落计数器的使用注意事项，江苏金华仪表总结了如下几点：
1、仪器应放置在平整牢固的试验台上使用。
2、点数菌落时，探笔不要过于倾斜，轻轻点下至有弹跳感时，数字即被输入。
3、仪器应防潮、防强烈震动、防直接日光曝晒、防酸碱侵蚀，用后应加防尘罩。
4、注意防止细菌培养物污染计数池。
5、仪器及探笔均不得随意拆卸，若发现故障，应请有经验的技术人员检修。
6、仪器使用后或放置长时间后放大镜表面会有灰尘，选用纯化水稍清洗，然后用镜头纸擦拭干净待用。