江苏金华仪表建议使用者按下列步骤操作流式细胞仪：
1、打开电源，对系统进行预热；
2、打开气体阈，调节 压力，获得适宜的液流速度；开启光源冷却系统；
3、在样品管中加入去离子水，冲洗液流的喷嘴系统；
4、利用校准标准样品，调整仪器，使在激光功率、光电倍增管电压、放大器电路增益调定的基础上，0和90散射的荧光强度最强，并要求变异系数为最小；
5、选定流速、测量细胞数、测量参数等，在同样的工作条件下测量样品和对照样品；同时选择计算机屏上数据的显示方式，从而能直观掌握测量进程；
6、样品测量完毕后，再用去离子水冲洗液流系统；
7、因为实验数据已存入计算机硬盘（有的机器还备有光盘系统，存贮量更大），因此可关闭气体、测量装置，而单独使用计算机进行数据处理；
8、将所需结果打印出来。
在操作和使用中需注意如下事项：
1、光电倍增管要求稳定的工作条件，暴露的较强的光线下以后，需要较长时间的“暗适应”以消除或降低部分暗电流本底才能工作；另外还要注意磁屏蔽；
2、光源不得在短时间内（一般要1h左右）关上又打开；使用光源必须预热并注意冷却系统工作是否正常；
3、液流系统必需随时保持液流畅通，避免气泡栓塞，所使用的鞘流液使用前要经过过滤、消毒；
4、注意根据测量对象的变换选用合适的滤片系统、放大器的类型等；
5、特别强度每次测量都需要对照组。